SBC ceRNA芯片

環狀RNA（circRNA）在真核生物中廣泛存在的發現使轉錄家族又增加了重要一員，lncRNA研究也正如火如荼，復雜的轉錄、轉錄調控網絡研究如何走捷徑？SBC  ceRNA芯片是一個“全轉錄組+”產品，不僅同時檢測circRNA、lncRNA等非編碼RNA和編碼蛋白的mRNA,并同時獲得circRNA、lncRNA功能預測結果，為進一步功能研究提供參考。circRNA、lncRNA作為競爭性內源RNA（ceRNA），競爭性結合miRNA，從而調控miRNA靶基因的表達,這樣的作用方式廣泛存在， ceRNA芯片也同樣是ceRNA研究的不二之選。

基因芯片作為一個成熟的技術平臺，二十幾年來被廣泛用于基因表達譜的檢測。對于lncRNA、circRNA基因表達譜檢測，基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優勢：

· 芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達豐度。與RNA測序相比，芯片檢測的準確性受低豐度轉錄本的影響更小，更適合檢測整體表達豐度低的lncRNA、circRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機率，提高測序深度可能引起可靠性的下降。

· lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置，RNA測序對lncRNA轉錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進行特異性設計，檢測更特異。

· circRNA具有特殊的環狀結構，但其線性序列和線性基因難以區分，需要單獨的去線性建庫才能利用RNA測序來檢測circRNA，不能同時檢測多種RNA。

SBC是國內最早從事基因芯片研發，也是最早的基因芯片外包服務商之一。SBC根據多年基因芯片開發、設計及對外服務經驗，結合lncRNA、circRNA分子特點，專門針對非編碼RNA研究設計了可同時檢測circRNA、lncRNA等非編碼RNA 和mRNA的芯片產品以滿足科學家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技術生產，技術重復性高于99%。

芯片設計策略：

設計收錄了circBase數據庫的circRNA信息，并針對circRNA反向剪接位點設計特異性circRNA探針。

LncRNA同樣收錄自最新數據庫和高質量文獻報道，去除冗余，并通過嚴格的生物信息學方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通過CAGE-seq，RNA-seq數據鑒定具有高可信度5’TSS及在多種組織或細胞中的表達量的lncRNA，HGNC收錄及lncRNAdb 收集的實驗驗證功能性的lncRNA作為高可信度lncRNA。

基于earray軟件設計探針，并利用SBC自有分析流程對探針進行double-check，保證探針高特異性區分mRNA、 circRNA和lncRNA。

Human ceRNA芯片設計流程圖

探針設計策略

芯片特點：

· 一箭三雕 - 可同時檢測circRNA、lncRNA和mRNA 

· circRNA探針設計在反向剪接位點，特異性強

· 技術成熟、靈敏度高：芯片比測序更適合檢測表達量低的lncRNA、circRNA

· 實驗周期短，數據分析方法成熟、快速

· 收錄lncRNA、circRNA全面、可靠，并及時更新

· 功能機制預測，為深入研究circRNA、lncRNA生物學功能提供參考，包括：

高保守lncRNA；lncRNA結合蛋白預測；lncRNA生物學功能預測；lncRNA亞細胞定位；疾病相關lncRNA預測；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相關circRNA預測。

芯片技術參數： 

樣本要求：RNA≥200 ng ；  物種：人、小鼠