隨著基因芯片業務的開展和高通量測序平臺的建立，實驗中產生了海量數據和信息，對于這些數據的存儲、整理和分析依賴于高性能的計算機系統。目前公司（中心）搭建浪潮TS10000高性能運算集群平臺，儲存能力達到200TB，計算能力超過1.8億次每秒以上，軟件系統采用商業化和自主開發相結合的方式。自主開發的芯片數據分析系統包括表達譜、miRNA、SNP分析、甲基化分析、CNV/CGH，可以根據實驗目的選擇合適的分析方法進行數據分析。建立了定制芯片流程以及功能注釋流程。面向SBC客戶的數據在線分析系統（SBC Analysis System，SAS系統），幫助客戶進行芯片數據分析，揭示生物學意義。對高通量測序數據，建立了mRNA測序、全轉錄組測序、small RNA測序、circRNA測序、ChIP-測序、全基因組重測序、外顯子測序、目標序列捕獲測序等分析Pipeline。10XGenomics單細胞水平的轉錄組測序、基因組測序、ATAC-測序、免疫組庫測序分析Pipeline。
高通量的芯片和測序技術為在全基因組水平上繪制高分辨率的基因組變異、RNA轉錄、轉錄因子結合、DNA甲基化、組蛋白修飾等研究提供了前所未有的機遇。公司（中心）根據研究需求建立多種數據挖掘技術方法，包括基于機器學習的Biomarker分析、多組學關聯分析、生存及預后分析、時間序列數據分析、WGCNA分析、GSEA分析、基因網絡分析、轉錄因子預測及網絡分析、GWAS分析、連鎖分析、單倍型分析、腫瘤突變負荷（TMB）分析等。
